Logiciel de comptabilité suisse : art. 957 CO, TVA et prix en francs

Un logiciel de comptabilité suisse pour une petite entreprise se choisit en quatre étapes, et le prix n’est que la dernière. D’abord, le Code des obligations détermine la comptabilité que vous devez tenir. Ensuite, la TVA détermine si vous devez établir un décompte, selon quelle méthode et à quelle fréquence. Puis vous décidez si vous tenez les livres vous-même, avec un comptable, ou si vous les confiez à une fiduciaire. Ce n’est qu’à la fin que l’on compare les logiciels, toujours avec la condition de facturation à côté du prix.

Nous avons lu le droit fédéral sur Fedlex et les pages de prix des éditeurs, en francs, le 8 octobre 2026. Pour le droit, la version française de Fedlex fait foi ; nous la citons. L’ordonnance concernant la tenue et la conservation des livres de comptes (Olico, en allemand GeBüV) n’existe qu’en français, en allemand et en italien. Les questions cantonales, à commencer par votre déclaration d’impôt sur le revenu, ne font pas partie de cet article.

Quelle comptabilité tenir : l’art. 957 du Code des obligations

La comptabilité à tenir dépend de la forme juridique et du chiffre d’affaires : les personnes morales et les entreprises au-dessus de 500 000 CHF tiennent une comptabilité complète, les raisons individuelles et sociétés de personnes plus petites une comptabilité simplifiée. L’art. 957 du Code des obligations (CO) trace la limite :

• Comptabilité complète et présentation des comptes (art. 957, al. 1) pour toutes les personnes morales, donc chaque SA et chaque Sàrl, ainsi que pour les raisons individuelles et sociétés de personnes dont le chiffre d’affaires dépasse 500 000 CHF au dernier exercice.
• Comptabilité des recettes et des dépenses ainsi que du patrimoine (art. 957, al. 2) pour les raisons individuelles et sociétés de personnes dont le chiffre d’affaires est inférieur à 500 000 CHF au dernier exercice. Nous ne disons pas comment est traité un chiffre d’affaires d’exactement 500 000 CHF.

L’art. 957, al. 3, prévoit que les principes de la comptabilité régulière s’appliquent par analogie à cette comptabilité simplifiée. Ces principes figurent à l’art. 957a : enregistrement complet, véridique et systématique, pièce justificative pour chaque écriture, clarté, adaptation à la nature et à la taille de l’entreprise, et traçabilité des enregistrements. L’art. 957a permet aussi de tenir les livres dans la monnaie nationale ou dans la principale monnaie fonctionnelle, dans une langue nationale ou en anglais, sur papier ou sous forme électronique. Nous n’avons trouvé aucune règle suisse qui oblige une petite entreprise à tenir ses livres dans un logiciel. Les livres électroniques sont en revanche soumis à l’Olico. Selon l’art. 6, les enregistrements doivent pouvoir être consultés dans un délai raisonnable jusqu’à la fin de la durée de conservation et, sur demande, être rendus lisibles sans moyen auxiliaire. L’art. 9 n’admet les supports modifiables qu’avec des techniques garantissant l’intégrité (par exemple une signature électronique) et une date de conservation protégée contre toute modification (par exemple un horodatage), et l’art. 10 impose des contrôles réguliers de l’intégrité et de la lisibilité, ainsi que la journalisation de toute migration de données. Livres et pièces se conservent dix ans (CO, art. 958f).

TVA suisse : la méthode et la période de décompte déterminent ce que le logiciel doit faire

Au-dessous de 100 000 CHF de chiffre d’affaires imposable, vous n’êtes pas assujetti à la TVA ; au-dessus, la méthode que vous appliquez est la décision qui compte pour le logiciel. La loi sur la TVA (LTVA), art. 10, al. 2, let. a, exclut de l’assujettissement les entreprises dont le chiffre d’affaires imposable est inférieur à 100 000 CHF, et l’art. 11 permet de renoncer à cette exclusion pour une période fiscale au moins. Si vous êtes assujetti, il y a deux méthodes :

• Méthode effective. Art. 36, al. 1 : en principe, la méthode de décompte effective doit être appliquée. Vous déduisez l’impôt préalable réellement payé. Le décompte est trimestriel (art. 35, al. 1).
• Méthode des taux de la dette fiscale nette. L’art. 37, al. 1, l’autorise si votre chiffre d’affaires imposable annuel ne dépasse pas 5 024 000 CHF et si l’impôt dû au taux de la dette fiscale nette ne dépasse pas 108 000 CHF. Vous appliquez un taux approuvé à la contre-prestation imposable ; les taux tiennent compte de l’impôt préalable usuel de la branche et sont fixés par l’Administration fédérale des contributions (AFC). Il faut en faire la demande, l’appliquer pendant une période fiscale au moins, et après être revenu à la méthode effective on ne peut pas y retourner pendant trois ans. Le décompte est semestriel. Nous ne citons aucun taux individuel, faute de les avoir lus.

Sur demande, l’AFC autorise le décompte mensuel si vous avez régulièrement un excédent d’impôt préalable, et le décompte annuel si votre chiffre d’affaires imposable ne dépasse pas 5 005 000 CHF (depuis le 1er janvier 2025 ; art. 35, al. 1bis, et art. 35a). Avec le décompte annuel, l’AFC facture des acomptes (art. 86a) : avec la méthode effective, un quart du montant attendu chacun, exigible dans les 150, 240 et 330 jours dès le début de la période fiscale ; avec la méthode des taux de la dette fiscale nette, la moitié, exigible dans les 240 jours. Le décompte et le paiement sont dus dans les 60 jours suivant la fin de la période de décompte (art. 71, al. 1, et art. 86, al. 1). Nous ne disons pas comment un week-end ou un jour férié décale ce délai, car nous ne l’avons pas lu.

La conséquence pour le logiciel est simple. Une entreprise assujettie à la TVA a besoin d’un produit qui prenne en charge sa méthode (effective ou taux de la dette fiscale nette) et sa période de décompte, et qui produise le décompte de TVA. Une entreprise sous 100 000 CHF qui tient une comptabilité simplifiée a besoin de bien moins. Les éditeurs le disent eux-mêmes : AbaNinja ne propose les méthodes de TVA (brute, nette, solde) qu’à partir de son offre Basic, et Banana destine son édition Advanced « à ceux qui sont assujettis à la TVA ».

Ce que le logiciel gère au fil de l’année

Le rythme suisse est plus simple qu’un calendrier mensuel : la TVA chaque trimestre ou chaque semestre, l’AVS par acomptes chaque trimestre, et les comptes annuels. Les cotisations AVS des indépendants sont payées par acomptes chaque trimestre, au plus tard le 10 du mois qui suit le trimestre, puis réglées lors de la taxation définitive. Les montants et le barème figurent dans notre article sur ce que coûte la création d’une entreprise. Ce paiement est une facture de la caisse de compensation, pas une exportation de votre logiciel.

Une facture suisse a sa propre exigence : la QR-facture. Savoir si le logiciel lit automatiquement les QR-factures et les relevés bancaires (camt.053 et camt.054) est un meilleur test que n’importe quelle liste de fonctions. Banana indique « Import e-banking ISO 20022 (camt.053, 054) », bexio la comptabilisation de factures QR et de justificatifs par l’IA, AbaNinja les factures QR et « 70+ banques connectées », et Run my Accounts « QR Zahlungseingang » (déclarations des éditeurs). La facture elle-même, la QR-facture et la facturation électronique sont traitées dans l’article QR-facture et logiciel de facturation ; nous n’affirmons ici aucune obligation suisse de facturation électronique B2B, car nous n’en avons trouvé aucune confirmation, dans un sens comme dans l’autre.

Logiciel de comptabilité gratuit en Suisse

Deux produits ont une offre gratuite adaptée à une toute petite entreprise, et aucune ne comprend tout.

• AbaNinja Starter, 0 CHF. Un utilisateur, 1 000 documents par an, factures QR, bilan, compte de résultat et grand livre. Les méthodes de TVA manquent : AbaNinja ne les propose qu’à partir de Basic (AbaNinja, tarifs, 8 octobre 2026). Cela convient à une raison individuelle non assujettie à la TVA.
• Banana Comptabilité Plus Free, 0 CHF. Toutes les applications de comptabilité jusqu’à 70 écritures (Banana, Suisse (CHF), 8 octobre 2026). Assez pour essayer le produit ou tenir un très petit registre.

Run my Accounts mentionne aussi une offre logicielle gratuite « Startup », mais ne vend désormais son logiciel aux nouveaux clients qu’avec ses prestations, d’où sa place dans la section sur les modèles plus bas. Nous ne disons rien des outils gratuits des autorités fiscales, que nous n’avons pas étudiés.

Logiciels de comptabilité : prix en francs

Un logiciel de comptabilité en libre-service pour une raison individuelle assujettie à la TVA coûte à partir d’environ 15 CHF par mois et jusqu’à 48 CHF et plus, et les bases des prix diffèrent. Les montants sont ceux affichés sur les pages en francs des éditeurs le 8 octobre 2026. Les bases sont signalées en note, car elles ne sont pas les mêmes.

L’unité diffère aussi. Crésus offre un vrai choix entre louer et posséder : louer à 20.00 CHF hors TVA par 30 jours, ou acheter pour 600.00 CHF puis payer 120.00 CHF par an pour les mises à jour. Banana et bexio sont des abonnements ; Banana précise que l’abonnement et le paiement sont tous deux annuels. Avant d’acheter, lisez les conditions du contrat : la période de facturation, le délai de résiliation (la location Crésus et Crésus+ se résilient à 30 jours) et les limites de documents qu’AbaNinja fixe par offre.

Trois façons de faire tenir les livres

La « comptabilité en ligne » recouvre trois services : un logiciel que vous utilisez seul, un logiciel avec un comptable, et une fiduciaire qui travaille dans son propre système. Le premier modèle est celui décrit ci-dessus. Dans le deuxième, un prestataire vend ensemble logiciel et tenue de la comptabilité. Run my Accounts facture sa comptabilité automatisée à la pièce traitée (justificatif, ligne supplémentaire, paiement, téléversement ou écriture bancaire), hors TVA, chaque mois : le forfait S comprend une base de 0 CHF plus 1.80 CHF par pièce, pour des entreprises d’environ un à quatre collaborateurs ; M 35 CHF plus 1.40 CHF ; L 290 CHF plus 0.95 CHF (Run my Accounts, en allemand seulement). Le prestataire indique que les nouveaux clients n’obtiennent le logiciel qu’avec ses prestations. Klara propose un service de mise en place et une page pour les fiduciaires, mais nous n’avons lu aucun prix de comptable. Dans le troisième modèle, la fiduciaire utilise ses propres outils et vous lui remettez les documents.

Nous n’avons pas étudié la manière dont les services fiduciaires sont réglementés en Suisse ni la répartition de la responsabilité, et nous n’affirmons rien sur ces points. Les obligations de l’art. 957 CO pèsent sur l’entreprise qui tient les livres, quelle que soit la personne qui fait le travail, et le contrat définit ce dont répond la fiduciaire.

Quatre questions tranchent en général :

1. Êtes-vous assujetti à la TVA, et selon quelle méthode ? Cela détermine l’offre : AbaNinja Starter ou Basic, Banana Professional ou Advanced.
2. Avez-vous des employés ? Les salaires sont un module ou un service distinct (Crésus Salaires, les décomptes de salaires d’AbaNinja, Klara Payroll à 4.90 CHF par fiche de paie).
3. Combien de justificatifs traitez-vous par mois ? Les forfaits de comptabilité sont tarifés au volume.
4. Combien de temps voulez-vous y consacrer ? Dans le modèle en libre-service, chaque erreur d’écriture est la vôtre.

Comment choisir un logiciel de comptabilité suisse : une liste de contrôle

Vérifiez un logiciel de comptabilité suisse sur dix points avant de l’acheter.

1. Comptabilité simplifiée ou complète : peut-il tenir la comptabilité que votre cas de l’art. 957 exige ?
2. TVA : votre méthode (effective ou taux de la dette fiscale nette), votre période de décompte et le décompte de TVA.
3. Comptes annuels et conservation : dix ans d’enregistrements et un archivage conforme à l’Olico (déclaration de l’éditeur chez bexio ; demandez-la par écrit).
4. QR-factures et relevés bancaires : lecture automatique des QR-factures et des fichiers camt.053 ou camt.054.
5. Connexion bancaire : pour votre banque (AbaNinja indique « 70+ banques connectées » ; Run my Accounts « Täglicher Bank Sync »).
6. Salaires : si vous avez des employés.
7. Accès pour votre comptable : demandez s’il est compris dans le prix.
8. Exportation et sortie : selon l’art. 10 Olico, une migration de données doit être complète, exacte et journalisée ; Klara PREMIUM propose la migration gratuite d’un système existant.
9. Sécurité : connexion à deux facteurs et contrat de sous-traitance. Selon l’art. 9 de la loi révisée sur la protection des données (nLPD), le traitement de données personnelles peut être confié à un sous-traitant par contrat, le responsable doit s’assurer que le sous-traitant est en mesure de garantir la sécurité des données, et aucune obligation légale ou contractuelle de garder le secret ne doit l’interdire. Comment sécuriser les comptes, nous l’expliquons dans l’article sur la protection des données de l’entreprise ; les questions à poser à un fournisseur cloud sont dans l’article sur la sécurité des données dans le cloud.
10. Assistance et conditions du contrat : bexio indique une assistance 24 h/24, 365 jours par an, Klara BASIC un chat et un e-mail 24 h/24 et PLUS ajoute l’assistance téléphonique, Banana Advanced une assistance par e-mail et téléphone, AbaNinja Starter trois demandes d’assistance. Demandez si l’assistance couvre les questions comptables ou seulement le logiciel.

Si vous tenez un stock ou fabriquez, un logiciel de comptabilité peut ne plus suffire ; quand une petite entreprise a besoin d’un ERP, nous l’expliquons dans un article distinct.